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常并发脱水、酸中毒,并发吸入性肺炎,肠穿孔时并发腹膜炎,气腹,休克等。并常并发其他先天性畸形:如胆道闭锁、食管闭锁、脐膨出、肛门直肠闭锁、梅克尔憩室、肠重复畸形等其他消化道畸形,多指(趾)、尿道下裂、马蹄肾等泌尿系畸形,及先天性心脏病等心血管畸形。小肠闭锁伴发先天愚型者罕见。