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胰腺假性囊肿须与胰腺脓肿和急性胰腺蜂窝织炎鉴别。伴随脓肿的病人常有感染表现。偶尔,假性囊肿可表现为体重下降、黄疸和触及无痛性肿大的胆囊,常首先考虑为胰腺癌。CT扫描显示病变为液性,提示为胰腺囊肿可做出正确诊断。增生性囊肿,还有胰腺囊腺瘤或囊腺癌,约占胰腺囊性病变的5%,术前应与胰腺假性囊肿鉴别。其确切的鉴别诊断主要依靠术中的肉眼观察和活检来确定。
有时,特别是无明显胰腺炎或胰腺外伤史时,除应与真性囊肿及腹部其他囊肿、实性肿块鉴别外,还应与胰腺脓肿相鉴别。胰腺脓肿常伴高热、全身中毒症状及白细胞升高,囊液革兰染色及培养有助于诊断,若为脓性囊液,则诊断明确。