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疼痛是最常见的症状，多位于上腹部，疼痛程度不重，为钝痛或胀痛，偶尔向背部或左肋部放射。常有食欲减退、恶心、呕吐、体重减轻。有时其他症状不明显而以上腹肿物为主诉。在少数病人中囊肿压迫胆管而出现黄疸。体检时约在3/4病人中可触及肿物，多位于上腹偏左，表面光滑，由于张力关系很少有囊性感，如无炎症一般无明显压痛。约10%的病人可见有黄疸。在30%～50%病人中血清淀粉酶有增高。
胰腺假性囊肿的临床表现特点主要是根据急性或慢性胰腺炎所处的阶段。急性囊肿时，表现为病情的延续，病人处于急性胰腺炎的情况下而不能很快好转，发热、上腹部胀痛和压痛、肿块、腹胀、胃肠道功能障碍等;严重的可出现多种并发症。后期的病例，假性囊肿壁已经成熟，周围的炎症改变已经消退，此时临床诊断的要点包括：①急性胰腺炎发作的病史;②上腹部疼痛不适及胃肠功能障碍;③上腹部肿物;④尿淀粉酶可升高或不升高。
慢性胰腺假性囊肿多发生在慢性复发性胰腺炎的基础上，当囊肿体积不很大，特别是位于胰腺尾部时，临床上扪不到上腹部肿块，主要表现为慢性胰腺炎的症状，如上腹部及腰背部痛、脂肪消化功能障碍、糖尿病等。上腹痛、慢性胰腺炎、脾大、上消化道出血肝功能正常是此症的特征。
临床上遇到曾有急慢性胰腺炎或上腹损伤，出现上腹疼痛、饱满、肿块，伴胃肠道功能障碍的病人，体检时能触到上腹圆形或椭圆形肿物，边界不清，较固定，呈囊性感，有深压痛，就应想到有胰腺囊肿的可能，经胃肠道造影、B超检查即可作出诊断。但仅诊断出胰腺囊肿是远远不够的，为指导治疗，还应明确以下几个问题。
1.确实是胰腺假囊肿而非真性胰腺囊肿 前者大多数有急慢性胰腺炎或胰腺损伤史，后者一般没有;B超，特别是CT有助于鉴别。
2.是急性胰腺假囊肿，还是慢性胰腺假囊肿 前者多由急性胰腺炎或胰腺损伤诱发，有的正处于急性胰腺炎阶段，除有急性胰腺炎的表现外，血尿淀粉酶的活性增高，特别是尿中淀粉酶持续上升。慢性胰腺假囊肿多发生在慢性复发性胰腺炎的基础上，主要表现为慢性胰腺炎症状，如腰背疼痛，消化不良，脂性腹泻及糖尿病征象。
3.胰腺假囊肿的大小、位置、囊内有无房隔 通过胃肠造影、B超、CT检查不难做出判断。还应明确囊肿与胃肠道之间的关系，精确地测出它们之间的距离。囊内无分隔的囊肿为穿刺置管引流的指征。囊肿与胃肠道之间间隙<1cm才适于做内镜治疗。
4.囊壁是否成熟 病程长短固然有参考意义，但B超与CT显示囊壁的厚度是选择手术时机的重要依据。
5.囊肿与胰管是否相通，胰管有无狭窄 通常急性胰腺假囊肿不一定与胰管交通，无胰管狭窄，慢性胰腺假囊肿总与胰管交通，且伴胰管狭窄，ERCP或囊肿造影检查可提供确切证据。对于与胰管交通且有狭窄的囊肿，不应选择外引流，否则会发生胰瘘。
6.严密观察囊肿的变化 当已确定胰腺假囊肿的诊断并对上述5方面有了明确判断后，即可定出初步治疗方案。但还应进一步动态观察囊肿的变化，包括大小、囊壁厚度、囊内密度及是否出现囊内出血、感染、囊肿急骤增大、囊肿破裂和对周围脏器产生压迫等并发症，以便及时修正治疗方法。