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1.血象 急性菌痢常有白细胞增多，在(10～20)×109/L;中性粒细胞增多，核左移。慢性病例有轻度贫血。
2.粪便检查 大便量少，为脓血黏液便。镜检可见成堆脓细胞，其中有红细胞及巨噬细胞。脓细胞常在10个以上/高倍视野。大便培养分离出致病菌对诊断及指导治疗都有重要价值。宜在抗菌疗法开始前采取标本，取脓血部分，立即送检。搁置过久或与尿液混合，可影响阳性率。采取标本时的病期可以影响阳性结果，发病第1天阳性率最高。可达50%，第6天降至35%，第10天为14.8%。多次送检可以提高阳性率。为了便于分离致病菌，常采用选择培养基，过去常用SS琼脂平板，近年发现对志贺菌属也有抑制作用。采用木糖-赖氨酸去氧胆酸盐琼脂平板，可以提高阳性率，国内亦有采用HE琼脂(Hektoen enteric)培养基及Mac Conkey琼脂平板，取得了较好的效果。分离出阳性菌株，及时进行抗生素敏感度测定，对指导临床用药有参考意义。
3.快速病原学诊断 包括免疫荧光菌球法、增菌乳胶凝集法、协同凝集试验、免疫艳蓝染色法，可以快速从粪便中获得阳性结果，阳性率可达90%以上，对菌痢的早期诊断有一定帮助。
4.单克隆抗体点免疫结合夹心法(DIAB)及反向间接血凝法 最近有人用来检测粪便中福氏痢疾菌的抗原，有较好的灵敏性和特异性，值得进一步研究。
5.DNA探针法 有人采用碱性磷酸酶标记的探针和粪便标本进行杂交。早期阳性率可达85%，较常规培养阳性率56%显著增高，增加了早期诊断阳性率。
6.乙状结肠镜检查 急性菌痢结肠黏膜弥漫性充血水肿，并有浅表溃疡及渗出物，进行乙状结肠镜检查徒有增加患者痛苦，且有一定危险性，一般不宜采用。慢性菌痢则可见结肠黏膜充血、水肿及浅表溃疡，黏膜可呈颗粒状且可见息肉等增生性改变，刮取黏液脓性分泌物送培养可以提高阳性率。
7.X线检查 慢性菌痢进行钡餐或钡剂灌肠，可见肠道痉挛、袋形消失、肠壁增厚、肠腔狭窄及肠段缩短等改变。
