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典型的志贺菌病的主要特征是起病急，发热、腹痛、脓血便，并有中度全身中毒症状。腹泻呈1日10多次或更多。重症患者伴有惊厥、头痛、全身肌肉酸痛，也可引起脱水和电解质紊乱。
菌痢的肠外并发症并不多见。
1.菌血症 主要见于儿童，有营养不良、镰状细胞贫血及免疫功能低下患者。国外已有100多例，国内也有少数病例报道，合并菌血症者症状较严重，病死率高达46%。菌血症多见于发病后1～2天，抗生素治疗有效。
2.溶血尿毒症综合征 主要见于痢疾志贺菌感染。有些病例开始时有类白血病反应，继而出现溶血性贫血及DIC。部分病例出现急性肾衰竭，肾脏大小动脉均有血栓及肾皮质坏死，肾小球及动脉壁有纤维蛋白沉积，约半数病例鲎试验阳性，多数病例血清中免疫复合物阳性。内毒素血症可能和发病有关，但其他细菌引起的内毒素血症并无类似表现。本病预后严重。
3.关节炎 多发生于菌痢后2周内，可能为变态反应所致，主要累及大关节，可引起膝、踝关节红肿、渗液。关节液中有凝集志贺菌的抗体，血清抗“O”效价正常。用激素治疗可以迅速缓解。