一是因为人类在进化过程中，下河二指骨体逐渐缩短，致使第三磨牙萌出时缺少足够的空间而不能正常萌出，表现为牙冠仅部分萌出或牙的位置偏斜，少数牙则完全埋伏在骨内，即第三磨牙阻生。
二是因为阻生的或正在萌出的第三磨牙牙冠被牙龈或全部覆盖，构成较深的盲带子，食物残渣进入盲带后不易清除。冠周盲带中的温度和湿度有利于细菌生长繁殖。当冠周软组织受到牙萌出时的压力，或咀嚼时遭到对牙合牙的要上，造成局部血运障碍，西晋即可侵入。在机体抵抗力强时，局部症状不明显，当因工作批发、睡眠不足、月经期、分娩后或某些伤病使全身抵抗力下降时，冠周炎可急性发作。临床上以垂直位软组织阻生的下颌第三磨牙冠周炎最常见。