口腔粘液囊肿虽无明显原因可寻，常因轻度外伤致粘液腺导管破裂，并使唾液粘蛋白溢入粘膜下组织或固有层而引起本病。也可见于腺性唇炎，系由于唇粘膜腺体和导管增生所致。根据病因及病理表现的不同，可分为外森性黏液囊肿及潴留性黏液囊肿。
1、外渗性黏液囊肿 占黏液囊肿的80％以上，组织表现为黏液性肉芽肿或充满黏液的假囊，无上皮衬里。实验研究提示，外渗性黏液囊肿是由创伤引起的。
2、潴留性黏液囊肿 有上皮衬里、潴留的黏液团快及结缔组织被膜，发病原因主要是导管系统的阻塞，可由微小涎石、分泌物浓缩或导管系统弯曲等原因所致。