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由于有些疾病X线上也出现类似的肺弥漫性小结节或粟粒状阴影，本病需与以下疾病进行鉴别诊断。
1.粟粒型肺结核 有结核中毒症状，如高热、乏力、食欲减退、消瘦、急性病容。X线胸片两肺在急性期呈现弥漫分布的大小、密度、分布三均匀的、边缘清楚的粟状阴影，其密度远比肺泡微石为低;亚急性和慢性血行播散型肺结核，两上中肺野大小不等、密度不均的病灶，与肺泡微结石分布迥然不同。
2.尘矽肺 本病有硅尘吸入史。肺部X线结节大小不等，夹杂纤维网状阴影。病变分布与支气管走向一致。Ⅰ期矽肺，肺门淋巴结肿大;Ⅲ期矽肺，两肺上部常出现融合性的矽结节阴影。
3.特发性肺含铁血黄素沉着症 本病多见于儿童，有反复咯血、气急、发热和缺氧发绀等症状。两肺可出现密度较淡的、大小不等的结节状阴影和片状浸润，咯血停止后，阴影可逐渐吸收，也可留下少量网状、纤维状阴影。