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本病多于中年后起病。亚急性或慢性发病，进行性发展。多数患者在神经系统症状出现前有疲乏、无力、腹泻、贫血等症状。神经系统主要有以下表现：
1.周围神经损害 最早出现。多表现为由下肢开始的足趾、手指末端对称性、持续性感觉异常：麻木、刺痛、发冷感、烧灼感。查体可检出手套样、袜套样感觉障碍及神经干压痛。
2.脊髓损害 主要累及后索和侧索。后索症状出现较早。表现为以下肢明显的深感觉障碍：位置觉、振动觉、运动觉减退或消失;感觉性共济失调：患者步态不稳，如踩棉花感，夜间尤重，指鼻试验、跟膝胫试验不稳，Romberg’s征阳性。随病变进展，出现双下肢无力，并累及侧索，损伤锥体束，引起肢体痉挛性瘫痪。临床体征由周围神经、后索、锥体束受损程度决定。如果病变以周围神经为主，则表现为肢体肌张力降低、腱反射减低、呈弛缓性瘫痪;如病变以锥体束为重，则表现为肢体强直、肌张力增高、腱反射亢进、病理征阳性。疾病晚期可有括约肌功能障碍。
3.脑神经损害 除视神经受累外，其余脑神经不受影响。主要表现为视力受损、双侧性视野中心暗点、视野缩小、视神经萎缩等。可发生在疾病的早期或晚期，也可发生在患有恶性贫血而没有亚急性联合变性征象的病人中。
4.精神症状 由于治疗上的进步，精神症状现在很少见。但在维生素B12及肝精应用之前较常见。可表现为易激惹、淡漠、认知功能受损、反应迟钝、幻觉、定向力丧失、抑郁、记忆力减退乃至痴呆。
Vit B12浓度低于100pg/ml时，注射1次Vit B12，10天后如出现网织红细胞增多，则有助于临床诊断。