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肠道病毒感染时，临床表现极为多样化，病情轻重差异悬殊，同型病毒有不同临床表现，不同型病毒可有相似症状，故单从临床表现难以判定型别。常为多种表现同时存在。
1.神经系统感染
(1)脑膜脑炎：一般认为该两种病毒可引起脑炎及无菌性脑膜炎综合征。其实，从临床表现及病理改变而言，两种病变无法区别，且多有并存，故可称为脑膜脑炎。已知柯萨奇病毒中A组12个型、B组中6个型，埃可病毒中几乎所有的型，均可引起脑膜脑炎。一般发病急，均有发热，轻重不等，以轻型为多。轻者可无脑膜脑炎的临床表现及体征，脑脊液检查异常才被发现。常见症状和体征有恶心、呕吐、头痛、脑膜刺激症状等。同时伴有咽痛、腹痛、腹泻等非特异性表现。脑脊液所见与其他病毒引起的脑膜脑炎相似，细胞数轻度增高，分类早期中性粒细胞为主，后期以淋巴细胞为主。糖和氯化物正常，蛋白轻度增高。
(2)瘫痪疾病：与脊髓灰质炎相比，该两种病毒引起瘫痪发生率低，症状轻，恢复快，预后好。柯萨奇A组中有6个型，B组中有4个型，埃可中10个型，均可引起瘫痪性疾病。
2.心脏疾病 此两种病毒可引起心肌-心包炎，侵犯心内膜者少。柯萨奇病毒A组中9个型、B组中6个型，埃可病毒中11个型，可累及心脏。有报道在柯萨奇病毒流行时，约33%患者有各种类型的心脏病。可发生于各年龄组，包括新生儿和成人。新生儿患病可为胎内感染，病情重，预后差，可发生猝死或慢性充血性心力衰竭。心肌-心包炎的轻重程度悬殊，轻者仅有心电图改变，重者出现面色苍白、发绀、咳嗽、呼吸困难，心率增快，各种心律异常，心脏扩大，心音低钝，可闻杂音(心尖部收缩期)，肺部?音，肝脏增大。临床根据心电摩擦音，卧位透视心腰部增宽，B超心包腔有积液而诊断心包炎。部分病例可发展为慢性心肌炎、心肌病、缩窄性心包炎和心内膜弹力纤维增生症。心肌缺血和梗死是导致猝死的主要原因。
3.呼吸道感染 埃可及柯萨奇病毒许多型可引起上呼吸道感染，少数引起下呼吸道感染。疱疹性咽峡炎是由柯萨奇病毒引起，埃可病毒也可为病原。传染性强，可发生流行。由于型别不同，同一患儿可多次发生。突然出现发热、咽痛、头痛、腹痛，咽部初起充血，继而出现灰白色疱疹，疱疹破崩，形成黄色溃疡。可见于扁桃体前弓，软腭，悬雍垂及扁桃体上，但不出现于齿龈及颊黏膜处。4～6天自愈，少数至2周。
4.发疹性疾病 皮疹出现于其他部位感染时，仅为一种表现。皮疹的形态、数量和分布变化多。可为斑疹、斑丘疹、水疱疹、荨麻疹、偶见瘀点。部位不定。口腔黏膜也可见到，且可形成溃疡。一般2～4天消退，不留痕迹。
有一种手、足、口病，主要由柯萨奇病毒A16 、A5、A10引起。多见于4岁以内年幼儿。其特点为口腔内见小疱疹或溃疡，位于舌、颊黏膜及硬腭处，偶见于软腭、牙龈、扁桃体。四肢，尤以手足部可见斑丘疹或疱疹，偶见腿、臂和躯干，数量多少不定。病程短，可伴发热，以低热为多。
5.腹泻 腹泻可见于四季，尤以夏秋季为多。多见于婴幼儿，为婴幼儿腹泻的常见病因。大便多为黄色或黄绿色稀便，可带黏液，偶见少量血液。每天5～6次至10余次，出现脱水者少。多在1～2天恢复。
6.其他疾病 尚可见流行性胸痛或肌痛，以胸痛为主者以胸、腹及膈肌附着点处明显，尚有四肢肌肉酸痛，全身肌痛。疼痛程度不等，轻者感紧压样及胀痛，重者似刀割、针刺。胸腹痛时咳嗽及深呼吸时加剧，腹部可有压痛，甚至腹肌痉挛及强直。尚有发热、咽痛、头痛、咳嗽、呕吐、腹泻等表现。
流行性急性结膜炎，由新发现的肠道病毒70型引起。主要表现为眼结膜红、肿、痛，流泪伴脓性分泌物，病程1～2周。
肠道病毒感染的表现是多方面的，几乎涉及各个系统。因此，婴幼儿感染性疾病时要想到本病的可能。同时结合流行病史，结合必要的实验室检查确诊。但健康人可带有该病毒，不能从咽拭子或粪便中分离出病毒就作为最后诊断的依据。抗原-抗体测定有诊断价值，但因分型过多，无法测定所有的类型。