扁桃体肥大的治疗需要根据具体的原因和症状确定，药物治疗通常是西医处理扁桃体肥大时的主要手段之一。
扁桃体发炎后，炎症因子入血后会引起体温调节中枢上调，出现体温上升。如果小孩体温超过38.5℃，家长可在医生指导下给小孩应用布洛芬颗粒、对乙酰氨基酚混悬滴剂等药物退热。
如果小孩扁桃体炎是由于细菌感染引起的，可以遵照医生的指导服用抗生素药物进行治疗，如头孢克肟颗粒、罗红霉素颗粒等，能够治疗敏感菌引起的感染，达到抑菌和杀菌的目的，可促进病情恢复，但是必须足量、足疗程用药，不能私自停药或者更改用量。
如果小孩扁桃体炎是由于病毒感染引起的，可按照医生指导服用抗病毒类药物，如利巴韦林颗粒、磷酸奥司他韦干混悬剂等药物。
小孩扁桃体发炎出现发热后，可遵医嘱使用双黄连颗粒、小儿柴桂退热颗粒、清开灵颗粒等药物，可以促进恢复。