判断甲状腺结节的良恶性主要依靠病史，体格检查，放射性核素扫描天穿刺细胞学检查。
(1)、 甲状腺B超检查
可显示结节为实性、囊性或混合性病变，单个的实性结节，恶性的可能性较高，混合性结节同样也有恶性的可能，而单纯的囊性结节则恶性的机率较少。
(2)、 甲状腺核素扫描
根据结节对放射性核素的摄取能力分为“热结节”和“冷结节”。“热结节”是功能自主性甲状腺结节，几乎多为良性。“冷结节”则有癌的可能，但多个“冷结节”多为良性腺瘤或结节，此外，若结节内有出血或囊性变，也可表现为“ 冷结节”。
(3)、 颈部X线检查
结节上有细小或砂粒样钙化者，可能为乳头状癌的砂粒体。大而不规则的钙化可见于退行性变的结节性甲状腺肿或甲状腺癌。如在气管像中见有浸润或变形，则提示有恶性病变。
(4)、 甲状腺细针穿刺细胞学检查
该检查操作简单、安全，对鉴别良恶性结节帮助很大。
(5)、 甲状腺功能测定
功能自主的毒性结节多为甲状腺功能亢进，亚急性甲状腺炎的早期也可有功能亢进，慢性淋巴细胞性甲状腺炎的甲状腺功能可以是正常、亢进或减低。其余病变引起的甲状腺结节功能大多正常。