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颅骨骨髓炎可发生于颅骨的任何部位，但以颅盖的额、顶骨最为多见。起病有急有缓，急性期多为毒力较强的致病菌所致，可呈暴发型，起病急骤，病人突然高热寒战，体温可高达40℃左右，全身中毒症状严重，如精神萎靡、周身酸痛、乏力、嗜睡，外周血象中的白细胞增高，其中多形核白细胞占90%以上。与此同时，局部颅骨发生炎症性浸润，与其相应的头皮可表现为红肿热痛，进而出现有波动感的头皮下脓肿，其破溃后形成经常向外排出黄色、灰色、绿色等的黏稠或稀薄的脓液及小块死骨，进入反复发作经久不愈的窦道，渐转为慢性过程。在毒力较弱的致病菌侵入颅骨后，引起病人的全身及局部反应均较轻，呈慢性发展过程，可表现低热，外周血象中的白细胞中度增高，以中性多形核细胞为主。局部头皮有中度红肿热痛，并逐渐发展成为有波动感的脓肿，在其破溃后形成慢性窦道。在头部外伤及颅脑手术后的病人中，多因伤口感染扩散，引起颅骨炎症反应，病变进一步发展，伤口破溃流脓形成慢性窦道。本病多在形成头皮下脓肿或窦道后才就诊，一般于起病后1个月以上甚至有数月和数年者。如炎症不能及时得到控制，则可穿破硬脑膜向颅内扩延，引起颅内并发症，据文献报道约占30%，其中主要为脑脓肿，余为硬膜外和硬膜下脓肿和脑膜炎。可因其侵犯的部位、范围及严重程度不同而引起不同的神经系统症状和体征，如头痛、呕吐、高热、谵妄、抽搐、昏迷、脑膜刺激症及颅内压增高，肢体瘫痪，失语等表现，严重时导致脑疝而危及生命。故应针对不同情况及时诊治。
典型的颅骨骨髓炎诊断并不困难。在被污染的开放性颅脑损伤或颅脑手术伤口的病人，术后体温升高，外周血象中白细胞增多，伤口红肿热痛或裂开流脓经久不愈和有头面部疖肿或周身其他部位化脓性感染的同时体温升高，伴有头部局限性红肿热痛，逐渐成为有波动性的头皮下脓肿，进而破溃并经常向外排出黄色或黄绿色黏稠的脓液及小块死骨等表现，辅以颅骨X线平片、CT、MRI检查。脓液涂片染色，显微镜下检查可找到化脓性细菌，培养时可发现化脓性细菌生长。结合病史、病程及临床表现和颅骨影像学检查，多可明确诊断。当炎症侵入颅内引起化脓性脑膜炎、硬脑膜下或外脓肿及脑脓肿时，可表现出相应的神经系统症状与体征，如头痛、呕吐、高热、抽搐、昏迷、颅内压增高、肢体瘫痪等，脑脊液压力正常或增高，白细胞增多以多形核白细胞为主，在并发化脓性脑膜炎时脑脊液压力可明显增高，色混浊，每立方毫米白细胞可多达数百或数千，蛋白明显增高，糖和氯化物均降低。结合腰穿及影像学检查，大多均可做出明确诊断。