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结肠阿米巴病缺乏特异的临床表现。一般起病较慢，中毒症状较轻，容易反复发作，肠道症状或痢疾样腹泻轻重不等。
1.急性阿米巴肠病
(1)无症状型：大多数阿米巴患者为此型，粪便内可查到包囊，但无症状，偶可侵袭肠黏膜组织而造成病变。
(2)普通型：发病较为缓慢，一般中毒症状较轻，每天腹泻1～4次，粪便恶臭，呈稀便或暗红色果酱样，有黏液和脓血。病情较重者每天大便数十次并有里急后重感，常伴有胀气和腹部绞痛。体检可发现此型患者多有肝肿大和腹部压痛。
(3)暴发型：见于水源性传播引起的暴发性流行，本型多发于虚弱或免疫功能低下者。起病突然，高热达40～41℃，中毒症状明显，极度衰竭，腹部疼痛，解大量血性稀便，可伴里急后重感，易并发肠出血、肠穿孔。粪便镜检可见大量阿米巴滋养体。
2.慢性阿米巴肠病：本型多因普通型治疗不彻底延续而成，患者可出现腹泻与便秘交替伴腹部不适。症状可持续或间歇出现，间歇期可达数周、数月或数年，疲劳、着凉和饮食不当可诱发。反复发作可能引起溃疡性结肠炎。
反复发作的肠道紊乱或痢疾样腹泻，病因不明确，或经磺胺药、抗生素治疗无效时应考虑本病。病原学检查是重要的诊断依据，粪便中检查到阿米巴病原体可确诊。通常以查到大滋养体者为现症患者，而查到小滋养体或包囊者只作为感染者。