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躯体感染伴发的精神障碍总的鉴别诊断根据是：
1.与其他疾病时的谵妄状态相鉴别感染性的谵妄状态应与其他原因引起的谵妄状态相鉴别，如各种中毒性谵妄、震颤谵妄、癔症性意识障碍，等。鉴别时注意病史、临床相及躯体病征。
2.与伴有幻觉妄想的精神分裂症相鉴别感染性幻觉症，当出现与其相应的妄想时，应与以感染为诱因的精神分裂症相鉴别，前者多少具有一定程度的意识障碍及虚弱状态，幻觉妄想内容较少离奇荒谬，当感染消除后精神症状也逐渐消失。精神分裂症时，于感染消除后，精神分裂症的临床特点反而显露出来。
3.与神经官能症的鉴别感染的初期，病人可出现疲乏无力，头痛头晕，睡眠障碍，情绪不稳等，应与神经官能症相鉴别。
4.针对各种不同原发感染疾病的鉴别诊断依据如：
(1)流行性出血热所致精神障碍鉴别诊断：
①谵妄状态的鉴别：感染性的谵妄状态应与其他原因引起的谵妄状态相鉴别，如各种中毒性谵妄、震颤谵妄、癔症性意识障碍等。鉴别时注意病史、临床相及躯体病症。
②幻觉症的鉴别感染性幻觉症当出现与其相应的妄想时，应与以感染为诱因的精神分裂症相鉴别，前者多少具有一定程度的意识障碍及虚弱状态，幻觉妄想内容较少离奇荒谬，当感染消除后精神症状也逐渐消失，精神分裂症在感染消除后，精神分裂症的临床表现反而暴露出来。
③衰弱状态的鉴别感染初期，病人可出现疲乏无力、头痛头昏、睡眠障碍、情绪不稳等，应与神经官能症鉴别。
(2)伤寒、副伤寒伴发的精神障碍鉴别诊断：
①谵妄状态的鉴别：感染性的谵妄状态应与其他原因引起的谵妄状态相鉴别，如各种中毒性谵妄、震颤谵妄、癔症性意识障碍等。鉴别时注意病史、临床相及躯体病症。
②幻觉症的鉴别感染性幻觉症当出现与其相应的妄想时，应与以感染为诱因的精神分裂症相鉴别，前者多少具有一定程度的意识障碍及虚弱状态，幻觉妄想内容较少离奇荒谬，当感染消除后精神症状也逐渐消失，精神分裂症在感染消除后，精神分裂症的临床表现反而暴露出来。
③衰弱状态的鉴别感染初期，病人可出现疲乏无力、头痛头昏、睡眠障碍、情绪不稳等，应与神经官能症鉴别。
(3)HIV鉴别诊断：
①与其他感染性疾病相鉴别：如结核、系统性红斑狼疮、结缔组织病、血液病的某些症状相鉴别。
②与能引起淋巴结肿大的疾病相鉴别：如霍奇金病、卡波济肉瘤、淋巴瘤等。
③与其他皮肤病相鉴别：如皮肤病、黏膜紫癜，血友病的皮肤改变相鉴别。
④与梅毒、淋病相鉴别。
⑤与使用免疫抑制剂或其他引起免疫抑制的疾病相鉴别。
⑥如产生焦虑、抑郁、痴呆等精神症状需与抑郁症、阿尔茨海默病、多发梗死性痴呆、麻痹性痴呆等相鉴别。