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1.感染所致围生期和新生儿肝炎 必须仔细区分肝内感染性胆汁淤积和遗传性、代谢性原因(先天异常)，因为其临床表现十分相似。应及时进行有关半乳糖血症、先天性果糖不耐受和酪氨酸血症的检查，因为可实行特殊的饮食疗法。还应该考虑α1-抗胰蛋白酶缺乏、囊性纤维增生症和新生儿铁储存异常性疾病。当考虑Alagille或Zellweger综合征时，特殊的体格特点有助于诊断。除非胆管自发性穿孔，肝外性胆汁淤积患儿一般表现尚可;大便通常完全白色，肝脏增大且硬。早产儿、低于胎龄儿多考虑为婴儿肝炎。
2.肝内或肝外胆汁淤积。
3.“胆汁浓缩综合征” 这种情况是由于一些溶血性疾病(Rh、ABO)的新生儿和一些接受全静脉营养的婴儿，其胆汁积聚在小胆管或中等大小的胆管中。同样机制可引起胆总管的固有阻塞。在Rh血型不合时的缺氧-再灌注损伤也可引起胆汁淤积。严重溶血时，胆汁淤积可以是完全性的，伴有白便。胆红素水平可高达40mg/dl(684µmol/L)，主要呈直接反应。如果胆汁浓缩发生在肝外胆管，与胆管闭锁的鉴别比较困难。可行利胆剂(考来烯胺、苯巴比妥、熊果酸脱氧胆酸)试验治疗。一旦大便颜色转为正常或99mTc-DIDA扫描见到胆汁排泄到十二指肠，则可确定肝外胆管是开放的。在大便颜色转为正常期间，有时父母诉说在患儿粪便中发现小的胆汁色的栓子。尽管大多数病例需在2～6个月时间内缓慢恢复，对于持续2周以上的完全性胆汁淤积仍需要进行进一步的检查(超声、DIDA扫描、肝活检)，可能时行剖腹探查肝外胆管。必要时行胆总管冲洗以去除梗阻的浓缩胆汁物质。
当怀疑是特发性新生儿肝炎时(没有感染的、代谢的和中毒的原因)，应证实胆管存在而不是肝外的“外科性”疾病。这方面DIDA扫描和超声波检查可能有助于诊断。有人在DIDA扫描时用了肠线试验，证明胆道无闭锁。肝的活组织检查所见常具有诊断意义，特别是对6～8周以上的婴儿，见表1。然而，活组织检查可能对4周以下的婴儿产生误导。若没能检查出胆管树的开放时、肝活组织检查无诊断此病的典型所见时、或是持续性完全胆汁淤积(白便)者，提示需要有经验的外科医生做小型剖腹探查术及手术中的胆管造影术。偶尔显示出小的但未闭合的肝外胆管树(发育不全)，它很可能是胆汁流减少的结果，而非原因，不必再重建发育不全的胆管。
4.肝外胆管闭锁 胆道闭锁与婴儿特发肝炎临床区分有时较困难，但却很重要。婴儿肝炎误认为胆道闭锁而行麻醉、手术，无疑会对病儿造成伤害;而胆道闭锁在生后2个月以内手术治疗，成功率可达80%左右，3个月后才手术者，多数失败。至今没有一种实验室检查能完全将胆道闭锁与婴儿肝炎纯然分开，诊断有赖于对病史、体检及实验室检查进行综合分析，有时尚须进行动态观察。例如本病女多于男，肝炎则相反。伴有多发性畸形者，本病可能性很大。早产儿、低于胎龄儿多考虑为婴儿肝炎。如粪便色很黄或绿色，则可除外本病。肝炎及代谢异常，新生儿早期肝脾肿大，而本病早期肝大较轻，以后才进行性增大，且常涉及肝脏左右两叶;数周后多数病儿脾才逐渐增大。动态观察血胆红素对鉴别也有一定帮助，如逐渐下降，应考虑为肝炎。婴儿肝炎时血甲胎蛋白明显增高，而胆道闭锁时血碱性磷酸酶、5-核苷酸酶及低密度脂蛋白(lipoprotein X，LP-X)增高显著，虽两者有少数重叠。B超检查时如发现胆囊缺如或发育不良，应考虑为本病。两者区分困难时，可采用十二指肠引流液测定、核素检查、肝脏活检等，正确率可达95%左右。
在病程早期用苯巴比妥治疗[3～5mg/(kg·d)，5～7天]以后进行的DIDA分泌研究可以区分胆汁淤积是肝内或肝外性的。虽然胆管闭锁时有持续性的血清γ-谷氨酸转肽酶或碱性磷酸酶水平升高，以及长期凝血酶原时间延长，但这些改变在严重的新生儿肝炎、α1-抗胰蛋白酶缺乏症及胆管缺乏时也曾报道过。此外，这些试验不能区分肝外系统的阻塞部位。通常，胆管闭锁时转氨酶只能轻度增高。血清蛋白及凝血因子在病初不会受影响。常规X线胸透可以显示多脾综合征的畸形。胆管系统的超声检查可用于确定胆总管囊肿是否存在。
诊断的主要问题在于这种病难于与新生儿肝炎、胆管缺如、胆总管囊肿或原有的胆道阻塞(结石、胆栓)之间区分。虽然自发性肝外胆管穿孔导致黄疸及白便，婴儿常常由于胆汁性腹水引起的化学性腹膜炎而症状很重，却没发现肝大。
如果在出生60天以前不能排除胆管闭锁，则需要外科检查。剖腹探查术应包括肝的活组织检查，如果胆囊存在，还要做胆管造影。在胆囊中有黄色胆汁，说明肝外胆管系统近端无闭锁。放射线摄影术看到在十二指肠中的造影剂，就可以排除远端肝外胆管有阻塞。