小儿扁桃体发炎伴随发热如果不及时妥善处理，可能带来一系列短期及长期的危害。
脱水风险增加，发热时，身体通过出汗来散热，可能导致孩子脱水，特别是如果他们因为喉咙痛而不愿意喝水或吃东西时。
喉咙疼痛会影响孩子的吞咽，导致食欲减退，进而影响营养摄入和生长发育。不适感可能使孩子夜间睡眠质量下降，影响日间的精神状态和情绪。
扁桃体炎有时可能并发其他感染，如中耳炎、鼻窦炎等。此外，若感染扩散，还可能引起颈部淋巴结肿大、咽旁隙感染等更严重情况。
虽然较为罕见，但未经治疗的链球菌性扁桃体炎有引发风湿热和急性肾小球肾炎的风险，这些是更为严重的全身性疾病。
频繁发作的扁桃体炎不仅影响孩子的日常生活质量，还可能提示需要考虑手术治疗以减少未来感染的可能性。
长期的健康问题可能导致孩子缺课，影响学习成绩和与同龄人的社交互动，从而对心理健康造成负面影响。