扁桃腺炎主要由链球菌感染，而患者的抵抗力低、天气变化、有害气体等亦会诱发扁桃腺炎。
扁桃腺发炎的原因是由于细菌和病毒的感染，其中细菌感染更多见。病原菌多为溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎球菌。这些细菌通常存在于人的咽部和扁桃腺隐窝内，在正常情况下，由于扁桃腺表面上皮完整和粘液腺的不断分泌，可将细菌同脱落上皮细胞从隐窝口排出，因此保持着机体的健康。当机体因过度疲劳、受凉、局部受到物理或化学因素的影响后，抵抗力下降时，扁桃腺的血运减少、腺体分泌机能下降，上皮防御能力降低，细菌即乘虚而入，滋生繁殖，致使扁桃腺发炎。