病理性的眼皮跳动可由眼睛屈光不正(近视、远视、散光等)、眼内异物、倒睫、结膜炎、角膜炎等导致，发作较频繁、持续时间长、跳动幅度大，有人会连眉毛、额头、嘴角甚至半边脸都一起抽动。尤其面部肌肉痉挛后引起的眼皮跳动，99%是因支配眼皮肌肉运动的面部神经被颅内异常血管压迫刺激，1%为颅内肿瘤、蛛网膜粘连刺激面神经所致，因此也被视为颅脑内疾病的征兆。
生理性眼皮跳一般比较轻微，如果是劳累过度，休息后就会好，即使是有炎症等病因也都是可以通过治疗缓解的。而面肌痉挛后的眼皮跳的病因在脑内，是很难自愈的，发展趋势是进行性加重。