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主要与以下疾病相鉴别：
1.新生儿肝炎 本病与新生儿肝炎的鉴别最困难。约20%的新生儿肝炎在疾病发展过程中，胆道完全性阻塞，有阻塞性黄疸的表现。除黄疸不退外，也可有尿色加深，灰白色粪便，极似胆道闭锁。但此类病儿大部分肝外胆管正常，很少脾肿大。经一般治疗有80%可痊愈。多数新生儿肝炎经4～5个月后，由于胆汁疏通排泄，黄疸逐渐减退，所以通过长时间的临床观察，可做出鉴别诊断。但是胆道闭锁于生后2个月内，若能接受胆道重建手术治疗，一般可以获得良好的胆汁引流效果。而超过2个月行手术时，胆汁性肝硬化常已造成不可逆的肝脏损害，尽管可以重建胆道，但预后不佳。胆道闭锁与新生儿肝炎临床鉴别的要点：
(1)性别：肝炎男婴比女婴多，而胆道闭锁女婴较男婴多。
(2)黄疸：肝炎一般较轻，黄疸有波动性改变，胆道闭锁的黄疸为持续性加重，无间歇期。
(3)粪便：肝炎为黄色软便，胆道闭锁较早出现白陶土色便且持续时间较久。
(4)体征：肝炎者肝大不及胆道闭锁，胆道闭锁者肝常在肋下4cm以上，质坚韧，边缘钝，常伴脾肿大。
(5)病程：新生儿肝炎于生后半年，多能逐渐好转、痊愈，而胆道闭锁少有活1年以上者。
2.新生儿溶血症 在我国主要病因是ABO血型不合，而Rh血型不合者少见。此症早期表现与胆道闭锁相似，有黄疸、肝脾肿大等，但其特点是在出生时，婴儿皮肤呈金黄色，有显著贫血表现，肌张力松弛及神经系统症状，产生核黄疸可危及生命。末梢血象检查有大量有核红细胞，随着病儿长大，血象多自行或在输血后恢复正常，黄疸逐渐减轻。粪便色泽正常。
3.母乳性黄疸 一般在生后4～7天黄疸明显加重，2～3周黄疸渐减轻，维持低水平3～12周，停止哺乳2～4天后，高胆红素血症迅速消退，哺乳停止后6～9天黄疸消失，本病临床上无肝脾肿大及灰白色粪便。
4.先天性胆总管扩张症 本病亦可在新生儿时期出现黄疸，多为囊肿型，常以腹胀或上腹部包块而就诊，B型超声可见胆总管囊性扩张。当囊肿较小而不易扪及时，临床上有误诊为胆道闭锁者。
5.胆总管下端淋巴结肿大压迫及上部肠道梗阻所致黄疸 肝外胆管附近的肿物或胆总管下端旁淋巴结肿大，可以压迫胆道而发生阻塞性黄疸，这类病例胆总管及胆囊皆有轻度扩张，可经B型超声证实。此外，先天性十二指肠闭锁、环状胰腺及先天性肥厚性幽门狭窄等部分病例亦可并发黄疸，此类疾病除黄疸外，临床上有原发病的表现，不难鉴别。
除上述黄疸病儿外，亦应与感染性黄疸及酶代谢异常所引起的黄疸进行鉴别。
