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囊型棘球蚴病的潜伏期冗长。临床表现视其寄生部位，囊肿大小与有无并发症而异。病程早期无自觉症状，患者全身健康状况良好。
1.肝囊型包虫病 最为常见，多位于右叶(80%～85%)，常接近肝脏表面，故主要症状是右上腹或上腹部无痛性肿块，表面光滑，质度较坚。极少数患者(2%～3%)叩诊时可触到包虫震颤，因子囊互相撞击引起囊壁震动所致。巨大肝右叶包虫囊患者的肝脏左叶常有代偿性肿大。左叶包虫囊的体征出现较早且较显著。肝脏右叶顶部的包虫囊向上生长引起膈肌升高，使运动受限。肝包虫囊向下生长，位于肝门附近偶可压迫胆总管引起黄疸，或压迫门静脉引起门脉高压症：脾肿大，食管下段静脉曲张或腹水，但较少见。肝包虫病主要并发症有感染(16.2%～26.9%)和破裂(4.3%～11.5%)，两者常互为因果：
(1)细菌感染大多来自胆管，也可因外伤或穿刺引起。临床上有发热，肝区疼痛，白细胞与中性粒细胞增多、酷似肝脓肿。但由于外囊囊壁较厚、细菌与毒素不易吸收入血，故毒血症症状较轻。肝右叶顶部包虫囊感染，除膈肌抬高，运动受阻外，也可引起反应性胸膜炎与积液。
(2)肝包虫囊穿破是常见而严重的并发症。包虫囊内张力甚高，诊断性穿刺无不引起囊液外溢。包虫囊破裂也可因外伤引起。大量囊液破入腹腔或胸腔可引起过敏性休克，并使囊液中头节播散移植至腹腔或胸腔内产生多发性继发包虫囊肿。
2.肺囊型包虫病 以右肺(2/3)较左肺多，下中叶较上叶多。早期肺包虫囊较小，患者无自觉症状，常在胸部X线透视时发现。肺包虫囊逐渐长大则可引起胸痛、咳嗽、痰血等症状，胸痛为持续性隐痛。痰中带血亦较常见(约1/3)，偶尔包虫囊肿破裂时可发生大咯血。约1/3患者包虫囊穿破至支气管。穿破时患者突然发生阵发性呛咳，呼吸困难，咯出大量水样囊液与粉皮状角皮膜以及咯血，偶尔因大量囊液溢出与堵塞引起窒息。并发感染时，患者有发热、咳脓痰等症状。
3.脑囊型包虫病 发病率在1%左右，多见于儿童，以顶叶为常见，大多伴有肝与肺包虫病。临床症状为头痛、视神经盘水肿等颅内高压症，常有癫痫发作。脑电图可见局限性慢波。颅脑CT扫描及磁共振影像可见大的囊肿阴影，有定位与定性诊断价值。
其他器官的细粒棘球蚴病如脾、肾、骨等主要表现为占位性囊肿引起的压迫症状，几乎都伴有肝或肺包虫病的症状。
凡在流行区有与狗密切接触史，包虫皮内试验与血清免疫学试验阳性者提示有包虫感染。肝脏B超与CT扫描发现有囊肿有助于诊断，但需与非寄生虫性囊肿如先天性肝囊肿、肝血管瘤等相鉴别。肺包虫囊破入支气管，患者咳出粉皮样物质，显微镜下查到粉皮样膜状物、头节或小钩可确定诊断。